Le CAREP Paris est dirigé par un conseil scientifique composé de 8 membres, et peut être amené à s’agrandir.
Il se réunit annuellement lors d’une assemblée générale pour élire ou reconduire les membres du conseil administratif dans leur fonction. Le conseil administratif est constitué par 4 membres, qui ont pour charge d’administrer le CAREP Paris.
Les conseils déterminent l’orientation générale et politique du centre ainsi que sa vision.